تعتمد طريقة عمل الخل على عملية التخمّر، والتي تتمّ على مرحلتين رئيسيتين :

المرحلة الأولى: تحويل السكريات إلى كحول (التخمّر الكحولي):

1-المواد الخام: تبدأ العملية بمادة خام غنية بالسكريات، مثل:
*

الفواكه:

العنب (لخل النبيذ)، التفاح (لخل التفاح)، التمر، الخ...
*

الحبوب:

الشعير، القمح، الأرز، الخ...
*

الخضراوات:

الجزر، البنجر، الخ...
*

السكريات:

السكر الأبيض أو البني.

2-إضافة الخميرة: تُضاف الخميرة إلى المادة الخام المُعَدّة (عادةً بعد عصر الفواكه أو طحن الحبوب). تُعتبر الخميرة كائنات حية دقيقة تُحوّل السكريات الموجودة في المادة الخام إلى كحول وثاني أكسيد الكربون.

3-التخمّر: يُترك الخليط في بيئة دافئة ومظلمة لعدة أيام أو أسابيع، حسب نوع المادة الخام ونوع الخميرة. خلال هذه الفترة، تتغذّى الخميرة على السكريات وتنتج الكحول وثاني أكسيد الكربون. يجب أن تكون الوعاء المستخدم نظيفًا وجيد التهوية للسماح بخروج ثاني أكسيد الكربون.

المرحلة الثانية: تحويل الكحول إلى خل (التخمّر الخليّ):

1-إضافة بكتيريا الخل: بعد اكتمال التخمّر الكحولي، تُضاف بكتيريا الخل *Acetobacter* إلى الخليط. هذه البكتيريا تُحوّل الكحول إلى حمض الخليك، وهو المُكوّن الرئيسي للخل.

2-الأكسدة: تحتاج بكتيريا الخل إلى الأكسجين لإتمام عملية تحويل الكحول إلى حمض الخليك. لذلك، يجب أن يكون الوعاء المستخدم مُسمحًا بمرور الهواء، لكن ليس بشكل مباشر لمنع التلوث. غالباً ما تُستخدم تقنيات خاصة لهذا الغرض مثل استخدام أغطية ذات فتحات صغيرة أو أنابيب خاصة.

3-التخمّر الخليّ: تستمر عملية التخمّر الخليّ لعدة أسابيع أو أشهر، حسب التركيز المطلوب لحمض الخليك في الخل النهائي. خلال هذه الفترة، يزداد تركيز حمض الخليك تدريجياً.

4-التصفية والتعقيم: بعد اكتمال التخمّر، يُصفّى الخل للتخلص من الرواسب، ثم يُعقّم عادةً للتأكد من عدم وجود بكتيريا ضارة.

ملاحظات:

* يمكن أن تختلف مدة كل مرحلة حسب عدة عوامل، مثل درجة الحرارة، ونوع المادة الخام، ونوع الخميرة وبكتيريا الخل المستخدمة.
* هناك طرق تقليدية وحديثة لصنع الخل، منها استخدام أوعية فخارية خاصة أو استخدام أنظمة تخمر صناعية.
* يُفضل استخدام ماء نظيف وخامات عالية الجودة لضمان جودة الخل الناتج.

بإختصار، تحويل السكريات إلى كحول بواسطة الخميرة، ثم تحويل الكحول إلى حمض الخليك بواسطة بكتيريا الخل، هما أساس عملية صنع الخل.