تنقسم البكتيريا إلى عدة أنواع بناءً على عدة خصائص، منها :

1. حسب الشكل:

*

كروية (Cocci):

بكتيريا كروية الشكل. وتنقسم بدورها حسب طريقة ترتيبها:
*

مكورات أحادية (Monococcus):

خلايا مفردة.
*

مكورات ثنائية (Diplococcus):

خلايا على شكل أزواج.
*

مكورات عنقودية (Staphylococcus):

خلايا على شكل عنقود.
*

مكورات سلسلية (Streptococcus):

خلايا على شكل سلاسل.
*

عصوية (Bacilli):

بكتيريا على شكل قضيب. وتنقسم بدورها حسب طريقة ترتيبها:
*

عصيات مفردة:

خلايا مفردة.
*

عصيات ثنائية:

خلايا على شكل أزواج.
*

عصيات سلسلية:

خلايا على شكل سلاسل.
*

لولبية (Spirilla):

بكتيريا لولبية الشكل، وتنقسم إلى:
*

لولبية (Spirilla):

لولبية صلبة.
*

بكتيريا حلزونية (Spirochetes):

لولبية مرنة.
*

فاصلة (Vibrio):

بكتيريا على شكل فاصلة أو هلال.


2. حسب احتياجاتها للأكسجين:

*

هوائية (Aerobic):

تحتاج إلى أكسجين للنمو.
*

لاهوائية (Anaerobic):

لا تحتاج إلى أكسجين للنمو، بل قد يتضرر نموها بوجوده. هناك أنواع لا هوائية اختيارية يمكنها النمو مع أو بدون أكسجين.
*

لاهوائية اختيارية (Facultative Anaerobic):

تنمو بشكل أفضل في وجود الأكسجين، ولكن يمكنها النمو أيضاً في غيابه.


3. حسب طريقة حصولها على الغذاء:

*

متطفلة (Parasites):

تعيش على كائن حي آخر وتتغذى عليه، مما قد يسبب المرض.
*

متعايشة (Symbionts):

تعيش مع كائن حي آخر في علاقة تكافلية، حيث يستفيد كلا الطرفين.
*

رمية (Saprotrophs):

تتغذى على المواد العضوية الميتة والمتحللة.
*

ذاتية التغذية (Autotrophs):

تصنع غذائها بنفسها، مثل البكتيريا التي تقوم بعملية التمثيل الضوئي.


4. حسب صبغ جرام:

*

بكتيريا موجبة جرام (Gram-positive):

تحتفظ بصبغة جرام وتظهر باللون البنفسجي.
*

بكتيريا سالبة جرام (Gram-negative):

لا تحتفظ بصبغة جرام وتظهر باللون الوردي أو الأحمر.


هذه التصنيفات ليست متبادلة، حيث يمكن تصنيف البكتيريا بناءً على أكثر من خاصية. على سبيل المثال، يمكن أن تكون بكتيريا كروية الشكل، موجبة جرام، وهوائية. يوجد عدد هائل من أنواع البكتيريا، ويتم اكتشاف أنواع جديدة باستمرار.