تدور قصة جزيرة الكنز حول صبيّ يدعى جيم هوكينز يعثر على خريطة كنز مدفون على جزيرة مهجورة. تبدأ مغامرة جيم عندما يلتقي بقبطان يدعى فليمينغ، يحكي له قصة القراصنة وكنزهم المدفون. ينضم جيم إلى رحلة بحرية للبحث عن الكنز، مع طاقم مختلط من البحارة الشرفاء واللصوص، أبرزهم القبطان جون سيلفر، وهو قبطان خبيث ومكار يخطط للاستيلاء على الكنز لنفسه.

تتطور الأحداث في رحلة مليئة بالمغامرات والخطر، حيث يتصارع جيم ورفاقه من البحارة الشرفاء مع القراصنة للحصول على الكنز والنجاة من خيانة سيلفر ومكائده. تتضمن الأحداث مواجهات عنيفة، وخيانة، وخداع، وخلافات بين أفراد الطاقم. في النهاية، ينجح جيم ورفاقه في التغلب على القراصنة، ويحصلون على جزء من الكنز، بعد مواجهة قاسية على جزيرة الكنز.