هناك العديد من أنواع الزعتر، وتختلف باختلاف المنطقة الجغرافية و الظروف المناخية. لا يوجد تصنيف دقيق علميًا يحدد عدد الأنواع بالضبط، لكن يمكن تصنيفها بشكل عام إلى فئات بناءً على خصائصها :

أنواع رئيسية من الزعتر:

*

الزعتر البري (Thymus vulgaris):

يُعرف أيضًا باسم الزعتر العادي، وهو من أكثر الأنواع شيوعًا ويستخدم على نطاق واسع في الطهي. له رائحة قوية وطعم لاذع.

*

زعتر الزاحف (Thymus serpyllum):

نوع من الزعتر ينمو بشكل منخفض على الأرض، وله أوراق صغيرة ورائحة عطرة.

*

زعتر الليمون (Thymus citriodorus):

يتميز برائحة الليمون المنعشة، ويستخدم في الطهي وكمُحسّن للنكهة.

*

زعتر الكارمن (Thymus vulgaris [SQ]Coccineus[SQ]):

نوع ذو أزهار قرمزية زاهية، ويستخدم غالباً كنبات زينة بالإضافة لاستخدامه في الطهي.

*

زعتر الزعفران (Thymus vulgaris [SQ]Golden King[SQ]):

له أوراق ذهبية اللون، ورائحة قوية.

هناك أنواع أخرى أقل شيوعًا مثل:

*

زعتر الأوريغانو (Origanum vulgare):

على الرغم من أنه غالبًا ما يُشار إليه باسم الزعتر، إلا أنه ينتمي إلى جنس مختلف (Origanum)، وله طعم ونكهة مختلفان عن الزعتر.

*

زعتر الكشمش (Thymus × citriodorus [SQ]Pink Chintz[SQ]):

له أزهار وردية فاتحة ورائحة عطرية قوية.

ملاحظة:

توجد العديد من الهجائن والأنواع الفرعية من الزعتر، مما يجعل من الصعب تحديد عدد الأنواع بدقة. أسماء الأنواع قد تختلف قليلاً حسب المنطقة.