يُعتقد أن الحجر الأسود نيزك، لكن منشأه الدقيق غير معروف على وجه اليقين. هناك روايات مختلفة حول مصدره، لكنها كلها تقليدية وليست مبنية على أدلة علمية قاطعة. بعض الروايات تربطه بسقوط نيزك في الجزيرة العربية، بينما أخرى تروي قصة أقدم تعود إلى الجنة.

لا يوجد إجماع علمي على مصدره، وحتى التحليلات العلمية التي أجريت على الحجر محدودة وغير كافية لتحديد تركيبه بدقة و بالتالي مصدره. لذا يبقى مصدره لغزا تاريخيا ودينيا، مع تفضيل أغلب الروايات الإسلامية لأصل سماوي له.