سميت بيعة العقبة الثانية بهذا الاسم لأنها تمت في العقبة، وهي منطقة تقع في الحجاز على طريق التجارة بين مكة والمدينة. وتحديدا، كانت البيعة في مكان يسمى "بئر بيعة" أو "بيعة العقبة" قرب العقبة. وهذا يميزها عن بيعة العقبة الأولى التي تمت في نفس المنطقة ولكن في مكان مختلف قليلاً، وكانت أصغر حجماً.